PRTR-España se basa en los mismos principios que EPER-España. No obstante, va más allá que éste, ya que exige a los complejos e instalaciones industriales que comuniquen información de un mayor número de actividades industriales, así como sus emisiones de un mayor número de sustancias contaminantes, no sólo a la atmósfera y al agua, sino también al suelo. También habrá que informar sobre las emisiones accidentales, emisiones de fuentes difusas y la transferencia de residuos.A continuación se recogen las diferencias más significativas existentes entre ambos registros: